通常の場合のTomcatとApacheの連携は、下記を参照してください。

http://lanavi.net/free/93

Tomcat6.0のcometを使う場合は、server.xmlに設定するConnectorのprotocolに、org.apache.coyote.http11.Http11NioProtocolを使用します。

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<Connector port="8080" protocol="org.apache.coyote.http11.Http11NioProtocol"
connectionTimeout="20000"
redirectPort="8443" scheme="http" secure="false" />
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このため、下記のようなAJP/1.3を使用した、連携ができません。
Connectorの8443番ポートのプロトコルを、org.apache.coyote.http11.Http11NioProtocolにしても動きません。

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<Connector port="8443" protocol="HTTP/1.1" SSLEnabled="true"
maxThreads="150" scheme="https" secure="true"
clientAuth="false" sslProtocol="TLS" />

<Connector port="8009" protocol="AJP/1.3" redirectPort="8443" />
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このため、ApacheのProxyで直接つなぐようにします。

まず、httpd.confで、mod_proxy_httpを下記のように有効にします。
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LoadModule proxy_http_module modules/mod_proxy_http.so
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そして、ProxyPassを下記のようにし、cometを使用しているところは、mod_proxy_httpにより接続します。
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ProxyPass /comet http://localhost:8080/CometServlet
ProxyPass / ajp://localhost:8009/chat/
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念のため、僕は、この方法しか分かりませんでしたが、もっと良い方法が実際にはあるかもしれません。